A origem da Secretaria de Estado da Economia remonta ao ano de 1931, quando a Capital do Estado ainda era a cidade de Goiás, com a criação da Diretoria Geral da Fazenda, subordinada à Secretaria Geral, por meio do Decreto Estadual nº 1.737, de 11 de dezembro de 1931, em substituição à Secretaria de Negócios e Finanças, tendo passado por diversas mudanças e alterações em sua estrutura organizacional desde então.
Em 1944, foi criada a Secretaria de Estado da Fazenda, subordinada diretamente ao Chefe do Executivo, pelo Decreto Estadual nº 234, de 06 de dezembro de 1944, com vigência a partir de 1º de janeiro de 1945.
A atuação da Secretaria tornou-se descentralizada em 1969, quando da criação das Inspetorias de Finanças, unidades da Secretaria da Fazenda localizadas nos diversos municípios do Estado, onde atuavam os então Fiscais de Renda e os Fiscais Arrecadadores, responsáveis por “coletar” os impostos estaduais em suas respectivas regiões.
As unidades administrativas centralizadas da Secretaria encontram-se concentradas nas instalações denominadas de Complexo Fazendário Meia Ponte, na Nova Vila desde 2001, quando ocorreu a transferência completa da então Secretaria da Fazenda das dependências do Centro Administrativo para a atual sede.
Por meio de mudanças na estrutura administrativa do Estado, em 2008, a Agência Goiana de Administração e Negócios Públicos - AGANP e a Superintendência do Controle Interno do Estado de Goiás passaram a integrar o organograma da então Secretaria da Fazenda, que abrigou ainda a Central de Aquisições e Contratações – CENTRAC, responsável pelos processos licitatórios de todo o Estado.
Em janeiro de 2011, foi publicada a Lei n°17.257, que alterou a organização administrativa do Poder Executivo e estabeleceu as novas competências da então Secretária da Fazenda, retirando as anteriormente relativas à administração e controle interno do Estado.
Finalmente, em 2019, com a edição da Lei nº 20.417, de 06 de fevereiro de 2019, a Secretaria de Estado da Fazenda passou a denominar-se Secretaria de Estado da Economia, absorvendo a estrutura e as atribuições da Superintendência Executiva de Planejamento, da então Secretaria de Gestão e Planejamento e do Instituto Mauro Borges.
